Enstitümüz 07.12.1961 yılında Çayır-Mera ve Yem Nebatları Tohum Üretme Merkezi Müdürlüğü adı ile kurulmuş, 1964 yılında Yem Bitkileri  Üretme ve Zootekni Deneme İstasyonu Müdürlüğü, 1970'li yıllarda Pamuk hariç tüm tarla bitkilerinde araştırma yapmak üzere Zirai Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü ve 1987 yılında bünyesine Pamuk araştırmaları da katılarak Çukurova Tarımsal Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü adını almıştır.1924 yılında Celal İĞRİBOZ tarafından kurulan tohum Islah İstasyonu ülkemizde kurulan 4 istasyondan biridir.1937’de Enstitümüzün  adı Pamuk İstasyonu ve Üretme Çiftliği, 27.12.1953 tarihinde Bölge Zira Araştırma Enstitüsü olarak değiştirilmiştir. 28.05.1965 tarihinde pamuğun başlı başına önemli bir konu olduğu ve bölgedeki gerekliliği dikkate alınarak Bölge Pamuk Araştırma Enstitüsü olarak değiştirilmiştir.  1997 yılında 1924 kuruluş tarihli Hacı Ali Pamuk Üretme İstasyonu Müdürlüğü kapatılarak tüm mal varlığı ile müdürlüğümüze bağlanmıştır.